インボイスの経過措置はいつまで？個人事業主への影響や対応を解説

「インボイス制度の経過措置っていつまで続くの？」

「個人事業者もインボイス発行事業者になるべき？」

「最新の税制改正に関する情報が知りたい」

この記事では、こんな疑問や困りごとを解決していきます。

フリーランスや個人事業主にとって、インボイス制度への対応は悩みどころです。登録をしてインボイス発行事業者になるべきか迷っている人もいれば、発行事業者になったことで負担が増して困っている人もいるでしょう。また経過措置について正しく理解していないと、思わぬ損をするリスクもあります。

そこで本記事では、インボイス制度の基本や経過措置の内容について詳しく解説します。インボイス制度に悩んでいる人は、ぜひ参考にしてください。

インボイス制度の基本

インボイス制度の正式名称は、「適格請求書等保存方式」。事業者が正しく消費税を納めるための仕組みとして、2023年10月に始まりました。

インボイス制度では、売手が買手である課税事業者に対して「適格請求書（インボイス）」を交付します。インボイスがあれば買手は仕入税額控除を受けられますし、複数税率に対応した正しい消費税額を納められます。

引用：インボイス制度について｜国税庁

そもそも課税事業者は、売上の消費税額から仕入れや経費の消費税額を引いた額を納めています。インボイス制度における「仕入税額控除」とは、この仕入れや経費の消費税額を引く作業のこと。つまり仕入税額控除を適用することで、課税事業者は支払う税額を抑えられる仕組みです。

適格請求書（インボイス）に記載すべき6項目

買手が仕入税額控除の適用を受けるには、売手にインボイスを交付してもらう必要があります。インボイスに記載すべき項目は、以下6点です。

• 買手の氏名（名称）
• 売手の氏名（名称）、登録番号
• 取引年月日
• 取引内容
• 税率ごとの総額と適用税率
• 税率ごとの消費税額等

なお紙で受け取ったインボイスは紙保存も可能ですが、電子取引データの場合は電子帳簿保存法に則って電子保存してください。インボイスがない取引では、基本的に仕入税額控除を受けることはできません。

さらに詳しく：インボイス（適格請求書）の書き方は？必須事項や注意点をわかりやすく解説

免税事業者はインボイスを発行できない

フリーランスや個人事業主のなかには、免税事業者も多いでしょう。個人事業主の場合、以下いずれかの条件に合致すれば免税事業者となります。

• 起業したばかり、あるいは起業後2年以内
• 前々年の課税売上高が1,000万円以下

免税事業者とは、消費税の申告義務や納付義務がない事業者のこと。そのため課税事業者と比べて、経理作業にかかる負担が軽いのが特徴です。

一方、免税事業者のままではインボイスの発行ができないというリスクもあります。インボイスが発行できなければ、取引先が仕入税額控除を受けられなくなるため、関係性に影響が出る可能性もあるでしょう。

参考：No.6501 納税義務の免除｜国税庁

課税事業者は適格請求書発行事業者として登録できる

インボイスの発行には、適格請求書発行事業者としての登録が必要です。免税事業者のままでは登録ができないため、インボイスを発行するには課税事業者になるしかありません。

一般的には課税売上高が1,000万円を超えた場合、または税務署長に「消費税課税事業者届出書」を提出した場合に課税事業者となります。ただし適格請求書発行事業者として登録すれば、別途手続きをせずとも課税事業者になることが可能です。

課税事業者には消費税の申告・納税義務があるため、経理作業は複雑化しますし、納税額も増えるでしょう。その反面、インボイスを発行することで取引先との関係が維持できる、事業者としての信頼性が高まるという利点もあります。

適格請求書発行事業者の登録方法

免税事業者が適格請求書発行事業者として登録するには、「適格請求書発行事業者の登録申請書」の提出が必要です。e-Taxを利用するか、インボイス登録センター宛に郵送しましょう。

申請書は「事業者区分」欄と「免税事業者の確認」欄の2枚です。個人の状況に応じて書き方が変わるので、見本を見ながら抜け漏れのないように記入してくださいね。

課税事業者が適格請求書発行事業者として登録する場合も、手続きの流れは同じです。ただ課税事業者の場合は、「免税事業者の確認」欄の記載が不要となります。

参考：D1-64 適格請求書発行事業者の登録申請手続（国内事業者用）｜国税庁

国税庁が設けたインボイス制度の経過措置とは

インボイス制度を導入することで、売手側・買手側ともに大きな負担がかかることとなりました。たとえば売手である個人事業主の場合、経理作業の負担が増大します。さらに納税額が増えることで、コスト面での負担も大きくなります。

それに対して買手側の負担は、免税事業者と取引する際に仕入税額控除が受けられないこと。免税事業者との取引が多いほど、買手側の納税額が大きくなってしまいます。

こうした両者の負担を軽減し、新制度へのスムーズな移行を進めるために、国税庁は一定期間の経過措置を設けました。

• 売手側：納付税額の2割特例
• 買手側：免税事業者等との取引における一定割合の仕入税額控除

詳しく見ていきましょう。

【売手側】納付税額の2割特例

売手のなかには、インボイス制度が始まったことをきっかけに課税事業者となった個人事業主も多いはず。ところが課税事業者になると、一般課税の場合は仕入額や経費を実額で計算する手間がかかりますし、納税額の負担増にもつながります。

こうした負担を軽減するために導入されたのが、2割特例です。これは仕入税額の実額を計算しなくても、売上税額の2割を一律で納付すれば良いという仕組み。仕入税額が少ない個人事業主にとっては、特にメリットの大きい特例です。

引用：２割特例（インボイス発行事業者となる小規模事業者に対する負担軽減措置）の概要｜国税庁

2割特例の適用期間は、2023年10月1日から2026年9月30日まで。申告時期でいうと、2026年分の申告までが対象となっています。

2割特例の注意点

2割特例の対象となるのは、インボイス発行事業者となるために課税事業者となった小規模事業者です。つまり課税売上高が1,000万円以上ある事業主など、もともと課税事業者の条件を満たしている場合は対象外となります。

また業種によっては、2割特例を使わないほうが節税効果が高まる場合もあります。一般課税と2割特例のどちらを選ぶか選択できるので、自分の業種に合うほうを選んでください。

【買手側】免税事業者等との取引における仕入税額控除

企業によっては、免税事業者と取引することもあるでしょう。けれども免税事業者はインボイスの発行ができないため、買手側は仕入税額控除ができず、税負担が大きくなってしまいます。

そこで経過措置として、インボイス発行事業者以外（免税事業者・適格請求書発行事業者の登録を受けていない課税事業者）から仕入れを行った場合も、一定の割合で仕入税額控除を受けられることとなりました。

仕入税額控除を受けるには、以下の要件を満たす必要があります。

• 帳簿に経過措置の適用を受ける旨の記載がある（例「80%控除対象」）
• 請求書に区分記載請求書等と同等の内容が記載されている

引用：５ 経過措置｜国税庁

なお控除率は段階的に下がっていき、最終的に０となる予定です。

令和8年度税制改正大綱に基づく経過措置スケジュール

インボイス制度の経過措置には期間が定められており、制度開始段階では2023年10月から2029年9月までという予定でした。ところがこの経過措置は見直しが行われ、「令和8年度税制改正」として特例の新設や期間の変更が行われたのです。

• 売手側：納付税額の3割特例を新設
• 買手側：免税事業者等との取引における仕入税額控除の割合・期間を変更

経過措置の見直しにより、売手側・買手側それぞれの負担が軽減され、準備期間を確保できるようになりました。

【売手側】2027年・2028年に納付税額の3割特例が新設

令和8年度税制改正によって、2026年までの2割特例に代わる3割特例が新設されました。基本的な仕組みはこれまでと同じですが、納付税額は売上税額の3割となります。

なお2割特例と同様に、対象となるのはインボイス発行事業者の登録を受けたことで課税事業者となった人です。課税売上高が1,000万円を超える事業者や適格請求書発行事業者の登録をしていない課税事業者は、特例を受けられません。

さらに3割特例の対象者は、個人事業主に限られます。2割特例の適用を受けていた法人でも、2027年以降は特例が受けられないので注意しましょう。

参考：令和８年度税制改正特集

経過措置期間の終了後は簡易課税制度への移行も検討

2割特例や3割特例の適用を受けた事業者は、翌年から簡易課税制度の適用が可能です。簡易課税制度とは、売上における消費税額にみなし仕入れ率を掛けることで、納付税額を算出する仕組み。細かい納付税額の計算が不要なので、経理作業を簡易化できます。

簡易課税制度の対象は、前々年度（前々事業年度）の課税売上高が5,000万円以下の事業主です。なお事業区分により、みなし仕入れ率は異なります。

引用：簡易課税制度への円滑な移行措置｜国税庁

スムーズに簡易課税制度へ移行するには、次の確定申告期限の前に「消費税簡易課税制度選択届出書」を提出します。2028年分まで3割特例の適用を受け、2029年分から簡易課税制度へ移行する場合、2030年4月1日までに届出書を提出しましょう。

【買手側】仕入税額控除の経過措置は2031年9月まで

免税事業者等との取引における仕入税額控除も、割合・期間ともに見直しが行われました。具体的な計画は、次のとおりです。

仕入税額の控除割合は、80%・70%・50%・30%と4段階に増えています。2026年10月から適用される70%控除、2030年10月から適用される30%控除は、今回新設されました。

控除の適用期間は2年間延長され、2031年9月までです。2031年10月1日以降は、控除を受けることはできません。

注意点は、控除限度額も見直されたこと。改正前の限度額は年間で10億円でしたが、今回の改正で1億円になりました。限度額を超えた分は、その他の条件を満たしていても控除適用の対象外となります。

参考：令和８年度税制改正特集

個人事業主はインボイス登録すべき？懸念点は主に３つ

個人事業主のなかには、まだ適格請求書発行事業者の登録をしておらず、悩んでいる人も多いはず。登録をすればインボイスの発行ができるようになるため、取引先との関係を継続しやすくなります。インボイスに対応していることが強みになり、新規取引につながる可能性もあるでしょう。

とはいえ個人事業主にとっては、登録するデメリットも少なくありません。経過措置があるとはいえ、納税額が増える、事務処理が煩雑化するなど、かかる負担が増してしまいます。

また国税庁のサイトでは、適格請求書発行事業者の登録情報が公開されています。自宅で仕事をしている人は、そこも気になりますよね。

こうした懸念点について詳しく見ていきましょう。

１）納税額が増えるため金銭的な負担が大きい

最もわかりやすい懸念点は、納めるべき消費税額が増えることです。免税事業者は消費税を納める義務がないため、取引先が支払った消費税をそのまま受け取ることができました。

ところが課税事業者になると、売上の消費税額から仕入れ・経費の消費税額を引いた金額を納付しなければなりません。多くの個人事業主は、仕入れや経費にかかる消費税額が少ないため、納付税額も大きくなってしまいます。

2割特例・3割特例を利用すれば節税につながるケースが多いものの、納税額が0になるわけではありません。

２）書類の適切な保存が必要なので事務処理が大変

課税事業者になると、帳簿を作成して以下の内容を記載する必要があります。

• 取引年月日
• 取引内容（軽減税率の対象品目については、その旨を記載）
• 税率ごとに区分した取引金額
• 取引相手の氏名（名称）

この帳簿には、7年間の保存義務が課せられています。さらに仕入税額控除を受けるには、帳簿に加えて請求書等も保存しなければなりません。

それに加えて、適格請求書のフォーマット作成や必要な会計ソフトの導入など、事前に行うべき準備が多くなります。状況によっては、税理士への依頼も検討が必要かもしれませんね。

参考：No.6496 仕入税額控除をするための帳簿及び請求書等の保存｜国税庁

３）氏名や住所が公開されるのが不安

国税庁の「適格請求書発行事業者の公表サイト」では、登録番号を入力することで登録者の氏名や登録年月日、住所といった情報を見ることができます。

引用：インボイス制度に関するQ&A　問19｜国税庁

情報を公開することで、不正なインボイスが発生した場合にすぐ気づけるというメリットがあります。ただし本名で、かつ自宅で仕事をしている個人事業主の場合、個人情報がサイトに載ることに不安を感じる人も多いでしょう。

とはいえ個人事業主の場合、住所の公開は任意となっています。公開しないという選択もできるので、必要性がなければ非公開にしておくと安心です。

書類管理の効率化と自宅住所の非公開を目指す方法

「インボイスを発行したいけれど、書類管理が大変そう」「自宅住所を公開したくない」という悩みは、ツールを使って解決できます。たとえば書類管理には請求書管理システムや文書管理システム、住所の公開を防ぐにはバーチャルオフィスやクラウド私書箱といった選択肢があるでしょう。

そしてメールメイトなら、書類管理の悩みと、住所の公開に対する不安をまとめて解消することが可能です。

メールメイトの機能１）クラウド上で書類を効率よく管理できる

メールメイトにはクラウドストレージがあり、請求書や領収書などの経理書類をクラウド上で一元管理できます。AI-OCR搭載なので、紙の請求書も高精度でデータ化できるのが特徴です。

クラウド保管することで書類の紛失リスクを軽減できますし、検索もしやすくなります。電子帳簿保存法に対応しているので、安心して利用できますよ。

さらにメールメイトの住所宛に届いた郵便物の場合は、メールメイトが郵便物の受け取りを代行し、スキャンしてクラウド上にアップロードします。利用者はスマホやパソコンからクラウドにアクセスするだけで、スムーズな郵便物データの確認が可能です。

メールメイトの機能２）仕事用の住所としてメールメイトの住所が使える

自宅で仕事をしている個人事業主は、国税庁の公表サイト以外にも住所を伝えなければならない場面が多くあります。たとえば契約書や請求書に住所を記載することもあれば、源泉徴収時に住所が必要となることもあるでしょう。

メールメイトを使っていれば、自宅住所とは別にメールメイトの専用住所が手に入ります。この住所は事業所の所在地として公表してもよいですし、契約書や請求書などに記載する住所としても利用可能。自分のプライバシーを守れるため、安心して仕事ができますね。

インボイス 経過措置 いつまでに関するQ&A

最後に、インボイスの経過措置についてよくある質問に回答していきます。

Q１）インボイスの交付ができないと契約解除になる？

適格請求書発行事業者への登録は任意であり、登録しないからといって不利益を被ることはありません。経過措置が終わってからも、免税事業者のままでいることは可能です。

ただし取引先によっては、仕入税額控除を受けるために免税事業者との取引を見直そうと考える場合もあるでしょう。そのやり方によっては、公正取引委員会の定める「優越的地位の濫用」に該当する場合があります。

• 双方の話し合いがなく、買手の都合のみで一方的な取引価格の値下げが行われる
• インボイスの交付ができないことを理由として取引が停止される

このようなケースは、独占禁止法に抵触する可能性があります。万が一こうしたケースに遭遇したら、専門家に相談しましょう。

参考：免税事業者及びその取引先のインボイス制度への対応に関するQ&A | 公正取引委員会

Q２）簡易課税制度は自動で適用される？

2割特例や3割特例の適用を受けている個人事業主のなかには、経過措置が終了したら簡易課税制度への移行を考えている人も多いでしょう。簡易課税制度によって納税額の計算方法が簡単になりますし、みなし仕入れ率によっては節税効果も得られます。

注意すべきは、3割特例などの経過措置から簡易課税制度へ自動で切り替わることはないという点。基準期間の課税売上高が5,000万円の事業者であり、期間内に「消費税簡易課税制度選択届出書」を提出した場合に限り、簡易課税制度が適用されます。

届出書を提出しなければ、経過措置が終了した後は一般課税の対象となります。移行を考えている人は、早めに手続きしておくと安心です。

Q３）インボイス登録すべきかどうかわからない

免税事業者のままでいるか、課税事業者となってインボイスを発行すべきか悩んでいる人は、以下のチェックポイントを参考にしてください。

• 課税事業者との取引が多い
• 取引先からインボイス登録の依頼を受けたことがある
• 継続的な取引が多い

上の条件に当てはまる場合は、インボイス登録を行うメリットがあるといえます。一方で取引先が消費者や免税事業者であれば、インボイス登録を行うメリットは大きくありません。

ただし課税売上高が1,000万円を超えていれば自動的に課税事業者となるので、インボイス登録を考えてもよいでしょう。

個人事業主も必要に応じてインボイス制度対応を考えよう

本記事ではインボイス制度や経過措置に関する概要、個人事業主への影響について解説しました。適格請求書発行事業者として登録すれば取引先との関係を保ちやすくなりますし、他社との差別化もできます。事業内容や取引先との関係によっては、インボイス登録を検討するとよいですね。

一方でインボイス登録によって書類の保存義務が厳しくなる、住所を公表したくないといった懸念点もあるはず。こうした問題を解決するには、メールメイトを活用してください。

メールメイトはクラウド上で書類の一括保管ができますし、メールメイトの住所をビジネス用の住所として利用することも可能です。課税事業者だけでなく、免税事業者にもおすすめですよ。