請求書管理を効率化したい！管理ポイントやおすすめシステムを紹介

「紙の請求書と電子請求書が混在していて、管理が大変」

「エクセルで請求書を管理しているけれど、処理が遅い」

「請求書管理を効率化したい」

この記事では、こんな悩みを解消していきます。

企業間で取引を行う際は、請求書を発行するのが基本です。請求書があれば請求額や支払先が明確になるため、トラブル防止につながりますし、決算や確定申告を正確に行うためにも役立ちます。

ただし受け取った請求書は、適切に管理しなければなりません。管理業務は負担が大きく、保管方法に悩む担当者もいるでしょう。

そこで本記事では、効率的な請求書管理の方法やおすすめシステムをご紹介します。請求書の管理に悩んでいる人は、ぜひ参考にしてください。

企業には請求書の保存義務がある

請求書は、企業間の取引内容を証明する重要な書類です。請求書の発行を義務づける法律はないものの、実際は多くの取引で請求書が使われています。　

そして請求書は、取引があった事実を証明する「証憑（しょうひょう）書類」の一つです。だからこそ請求書を受け取った企業には、法律に則って適切に管理する義務があります。

また税務調査などでは、請求書が確認資料として使われることもあるため、必要な時にすぐ出せる状態で保管しなければなりません。請求書の管理を怠っていると法律違反となるうえ、支払い漏れなどのトラブルを招いて取引先からの信頼を失う可能性もありますよ。

請求書の保存期間は原則7年

法人税法では、法人が発行・受領した請求書の保存期間を7年間と定めています。一方で個人事業主の場合、保存期間は原則5年間です。さらに下図のように、状況に応じて保存期間は異なります。

	原則	適格請求書の場合	欠損金が生じた場合	消費税課税事業者
法人	7年間	7年間	10年間	ー
個人事業主	5年間	7年間	－	7年間

参考：No.5930 帳簿書類等の保存期間｜国税庁

保存期間の注意点は、確定申告の提出期限の翌日から数えること。つまり法人の場合、確定申告の提出期限が2026年の3月31日であったなら、その翌日から7年間、つまり2033年の4月1日まで保存してください。

請求書データは電子帳簿保存法の要件に沿って保存する

2022年に電子帳簿保存法が改正され、紙の請求書はそのままファイリングするか、スキャナ保存を行うこととなりました。一方で電子請求書の場合は、データのまま保存するのが基本であり、紙へ印刷して保存することは認められていません。

そしてスキャナ保存やデータ保存を行う場合、電子帳簿保存法で定められた保存要件を満たす必要があります。詳しく見ていきましょう。

スキャナ保存の保存要件

請求書をスキャナ保存する際の要件は、以下のとおりです。

• 200dpi以上の解像度で読み取る

• 赤色・緑色・青色のそれぞれを256階調以上で読み取る

• タイムスタンプを付与する

• 関連する帳簿との関連性が確認できるようにしておく

• 14インチ以上のカラーディスプレイかプリンタと操作説明書を備え付ける

• 明瞭な状態で出力できる状態にしておく

• 取引年月日や取引金額等で検索できる状態にしておく　など

参考：はじめませんか、書類のスキャナ保存｜国税庁

スキャナ保存を行えば、紙の請求書をデータとして扱うことが可能になります。するとデータの検索や共有がしやすくなるうえ、リモートワークの促進にもつながります。

電子取引データの保存要件

インターネット上でやり取りした請求書を保存する際は、真実性と可視性の確保が重要です。「真実性の確保」とはデータの不正な改ざんを防ぐことを指し、「可視性の確保」とは必要な時に誰でもデータの確認ができることを指します。

真実性と可視性を確保するための保存要件は、以下のとおりです。

• タイムスタンプや訂正履歴が残るシステム等を用いて、改ざんを防止する

• ディスプレイやプリンタ等を備え付ける

• 日付、金額、取引先から検索できる状態にしておく

参考：電子取引データを適切に保存できていますか？｜国税庁

なお電子請求書については、発行側にもデータを保存する義務があります。また送付する際はパスワードや電子署名を追加し、セキュリティを強化しましょう。

請求書データを保存する際はファイル名にも注意

請求書をデータとして保存する際は、ファイル名にも注意しましょう。電子帳簿保存法の保存要件には検索機能の確保が含まれているため、取引年月日や取引先名、金額を含めたファイル名を付けておくとよいですね。

またファイルごとに名づけのフォーマットが違うと、管理がしづらくなってしまいます。社内でルールを定め、ファイル名に規則性を持たせると、効率よく請求書の管理ができるようになりますよ。さらに取引先にもルールを伝えてフォーマットを共有しておけば、請求書を受け取る際の確認もスムーズになるでしょう。

【状況別】請求書の管理方法

請求書を扱うシーンは、大きく3つに分けられます。

• 自社が請求書を発行する

• 取引先が発行した請求書を受け取る

• 適格請求書（インボイス）を扱う

法律上、自社で発行した紙の請求書については、控えを作成して保存する義務はありません。とはいえ控えがあれば入金状況の確認に役立つため、コピーを取って保存している企業は多いでしょう。

一方で受け取った請求書やインボイスについては、必ず保存する必要があります。ここでは状況別の管理方法について、詳しく見ていきます。

発行した請求書の管理方法

売手側が請求書を管理する場合は、次の方法がおすすめです。

1. 請求書を「未入金」「入金済」に分ける

2. 入金が確認できたら、請求書に印を付けて「入金済」へ移す

3. 月ごとまたは取引先ごとに分けて保管する

入金状況を確認するためには、入金済か否かを明確にしておくことが重要です。そのため紙の請求書はファイルを分け、電子請求書はフォルダを分けて保管しておきましょう。

入金済みの請求書は、月ごとか取引先ごとに分けて保管してください。月ごとに分けると月単位の収入を把握しやすくなりますし、取引先が多い時は、取引先ごとに分けたほうが後から探しやすく便利です。

受け取った請求書の管理方法

買手側が請求書を管理する際は、次のように保管しておくとよいでしょう。

1. 請求書を「未払い」「支払済」に分ける

2. 支払いが済んだら、請求書に印を付けて「支払済」へ移す

3. 月ごとまたは取引先ごとに分けて保管する

基本的な管理方法は、発行した請求書と同様です。ただし「未払い」のファイルに入れる際は、以下の点に注意してください。

• 請求書の内容を確認し、誤りがあれば修正を依頼する

• 支払期限を過ぎることのないよう、期日が近い順でファイリングする

支払い済みの請求書を管理する際も、月ごとの支出額を把握したければ月ごと、取引先が多ければ取引先ごとに保管しましょう。

適格請求書（インボイス）の管理方法

2023年10月にインボイス制度が導入され、「適格請求書（インボイス）」が発行されるようになりました。インボイスの役割は、取引時の消費税率や税額を正しく伝えること。インボイスを発行できるのは登録を受けた事業者に限られており、インボイスを受け取った課税事業者は仕入税額控除の適用が受けられます。

引用：インボイス制度について｜国税庁

ただしインボイスの管理方法は、通常の請求書と異なるため注意が必要です。大きな違いは、2点あります。

１）売手側も請求書の控えを保存しなければならない

1つめの違いは、売手側にもインボイスの保存義務が生じる点です。通常の請求書には売手側の保存義務はありませんが、インボイスの場合は売手側も控えを作成し、保存しなければなりません。

紙で発行したインボイスは控えを作って紙のまま保存するか、スキャンして保存します。インターネット上で送付した請求書は、電子データのまま保存してください。

２）保存期間が7年間である

2つめの違いは、法人・個人事業主ともに、保存期間が7年間という点です。なおこの起算日となるのは「課税期間末日の翌日から2ヶ月を経過した日」であり、ここも通常の請求書とは異なります。

たとえば課税期間の末日が2026年の12月31日である場合、2027年3月1日から7年間、つまり2034年3月1日までインボイスの保存が必要です。

請求書の管理をエクセルで行う際の課題

請求書を管理する際に、エクセルを使っている企業は多いでしょう。エクセルを使えば手作業で管理するより効率的ですし、コストもかかりません。入金状況・支払状況を一覧できるのも大きなメリットです。

一方でエクセルを使って請求書を管理していると、いくつか課題もあります。ここでは、主な3つの課題をご紹介します。

１）作業の負担が大きい

エクセルで請求書を管理するには、手作業でデータを入力しなければなりません。そのため取引先が増えるほど手間がかかりますし、それに伴いヒューマンエラーも増大します。ミスを防ぐためにダブルチェック・トリプルチェックを行うこともできますが、それだけ負担も大きくなる一方です。

マクロを作成すれば作業効率を上げることはできますが、それにはプログラミング知識が必要です。導入のハードルが高くなりますし、業務が属人化してしまうリスクもあるため、気軽に作成することはできませんね。

２）正しいデータがわからなくなりやすい

エクセルでは同時編集が難しく、複数の担当者が同時に入力していると「どのデータが最新なのかわからない」「自分の入力したデータが誰かに上書きされている」といった問題が起きやすくなります。これではデータの正確性を保つことができず、スムーズに業務を進めることができません。

またセルの参照機能は便利ですが、ミスが起きやすい部分でもあります。参照元のセルに入力ミスがあると他の部分に影響しますし、範囲選択を間違える、直接数字を入力してしまうといったミスも起きてしまいます。さらにミスが起きた時に、どこを直せばいいかわからなくなるケースもあるでしょう。

３）データが溜まると処理が遅くなる

取引件数が増えてデータが溜まっていくと、処理が遅くなる点も課題です。処理が遅いとエクセルがなかなか開かない、あるいは動作中に固まるなど、業務の進捗に影響が出てきてしまいます。

表を見やすくするために色分けや罫線などを利用することもありますが、これもデータを重くする要因。また空白セルに書式情報が残っている場合や、外部データからの参照が多い場合も、同様にデータが重くなってしまいます。

請求書管理システムで管理業務の効率化を促進できる

請求書を効率的に管理したい人やエクセルでの請求書管理にストレスを感じている人には、請求書管理システムがおすすめです。請求書管理システムの主な機能には、以下があります。

• 請求書の作成・送付

• 請求書の保管

• 入金状況の管理

• 会計ソフト等との連携　など

つまり請求書作成から入金まで一連の作業に対応しており、まとめて業務を効率化することが可能です。結果として担当者の負担を軽減できるうえ、データの活用もしやすくなります。そのメリットを詳しく見ていきましょう。

自動化が進んで作業負担を軽減できる

請求書管理システムを使えば、入力作業や確認作業が自動化されるため、作業負担が大きく減ります。入力したデータを請求書に反映できるシステムを使えば、請求書の作成にも手間がかかりません。手作業の場合と比べて、入力ミスや転記ミスなどのヒューマンエラーが軽減できるのも嬉しいですね。

またインターネット上で電子請求書の送付ができるようになるため、紙の請求書のように封入や郵送を行う必要がなくなります。作業の手間が省けるだけでなく、郵送費や印刷費、封筒代といったコストの削減も見込めますよ。

データの活用がしやすくなる

請求書管理システム内には、請求書に関するデータがまとまっており、手軽に必要な情報の検索や共有が可能です。最新の情報をリアルタイムで確認できるので、スピーディーな対応がとれるようになります。

さらに会計ソフトや販売管理システムなど、外部システムと連携できるのも大きな強みです。うまく活用すれば請求書管理だけでなく、社内の業務をまとめて効率化、ならびにデジタル化することができるでしょう。

おすすめの請求書管理システム

請求書管理システムには、請求書の作成に特化したものや受け取りに特化したもの、請求書以外の書類もまとめて管理できるものなど、さまざまな種類があります。機能とコストのバランスを見ながら、企業にあったものを選ばなければなりません。

なかでも請求書を効率よく管理することが目的なら、紙の請求書と電子請求書をまとめて管理できるタイプがおすすめ。取引先によって請求書の発行方法が違っても、効率よく管理ができるでしょう。

ここでは、おすすめの請求書管理システムを3つご紹介します。

①メールメイト

• 電子帳簿保存法対応

• Pマーク取得

メールメイトの請求書管理システムには、2つの使い方があります。1つめは、メールメイトが請求書を受領代行する方法。紙の請求書をメールメイトの住所宛に送付すれば、開封・スキャンのうえデータのアップロードを行います。電子請求書もメールで転送すれば、同様にアップロードされますよ。

そしてもう1つは、自社で請求書を受け取り、管理業務のみを効率化する方法。紙の請求書はアプリでスキャンしてから、電子請求書はそのままアップロードすることができます。企業に合った形で導入できるため便利でしょう。

さらにAIによるデータ抽出や分析ができるので、アップロードしたデータの活用方法も広がります。

②バクラク請求書受取

引用：バクラク請求書受取

• 電子帳簿保存法対応

• ISMS認証、SOC1 Type2取得

バクラク請求書受取では、取引先から届く請求書を専用窓口で受け取り、開封やスキャン、アップロードまでまとめて代行します。担当者はそのデータを確認し、必要な対応を行うだけ。郵送やメール添付、ダウンロード形式など、請求書の形式を問わず一元管理が可能です。

システム上で購買申請や支払申請も行えるため、ワークフローをデジタル化できるのも魅力。ステータスは一覧で確認できるので、見逃す心配もありません。

2025年4月時点のサービス継続率は99%以上で、累計導入社数は15,000社超。導入実績が豊富なので、安心して利用できるでしょう。

③TOKIUMインボイス

引用：TOKIUMインボイス

• 電子帳簿保存法対応

• ISMS認証、Pマーク、JIIMA認証取得

TOKIUMインボイスはあらゆる形式の請求書に対応していますが、なかでも紙の請求書に強みを発揮する請求書管理システムです。大きな特徴は、24時間365日体制で請求書のデータ化作業を進めるため、作業スピードが速い点。AIを活用するほか、複数のオペレーターでチェックを行うので、データ化の精度も高いですよ。

請求書の送付先をTOKIUMインボイスに切り替える際は、取引先へ変更連絡をしてくれるのもポイント。「変更連絡をし忘れて、自社に請求書が届いてしまった」という事態が起こらないため、支払い漏れなどのトラブルを防げます。

請求書管理に関してよくある質問

最後に、請求書管理に関する細かい疑問点や、請求書管理システムの選び方について解説します。

Q１）紙の請求書をPDF化したら、原本は破棄していいの？

スキャナ保存の要件を満たしていれば、原本である紙の請求書は破棄しても構いません。紙の請求書をスキャンしてPDF化し、原本を破棄することで、企業の電子化・デジタル化も進められるでしょう。

ただし入力期間には制限があるので、注意が必要です。

• 早期入力方式の場合：請求書を受領してから7営業日以内

• 業務処理サイクル方式の場合：企業ごとの業務処理サイクル＋7営業日以内（最長2ヶ月）

入力期間を超えてしまうと、スキャナ保存の要件を満たしていないと考えられるため、紙のまま保存する必要があります。

参考：Ⅱ　適用要件【基本的事項】｜国税庁

Q２）電子帳簿保存法に則って保管していないとどうなる？

電子帳簿保存法に違反してしまうと、以下のような罰則を受けるリスクが生じます。

• 100万円以下の過料

• 青色申告の承認取り消し

• 追加課税、追加徴税　など

基本的には保存方法に不備があったからといって、すぐさま罰則が科せられるわけではありません。ただ追加書類の提示に従わない場合、故意に隠ぺいや偽装を行う場合などは、罰則対象となる可能性があります。

なお災害などのやむを得ない事情がある場合は、罰則対象から除外されます。

Q３）請求書管理システムの選び方が知りたい

請求書管理システムには多くの種類があるため、次のポイントを基に選ぶとよいでしょう。

• 求める機能が備わっているか

• 利用料金が予算内に収まるか

• サポート体制は整っているか

• セキュリティ面で信頼できるか

このほか口コミや導入事例も参考にするとよいですね。なかには無料トライアル期間を設けているシステムもあるので、ぜひ活用してみてください。

請求書はシステムを使って効率よく管理しよう

本記事では、効率よく請求書を管理する方法やおすすめの請求書管理システムについて解説しました。請求書は企業にとって重要な証憑書類であり、法律に則った適切な管理が必要になります。

ただ、紙の請求書を手作業で管理するのは大変です。エクセルを利用する企業もありますが、課題が多く使いにくい部分も少なくありません。

効率よく請求書を管理するには、請求書管理システムなどの自動化ツールを活用し、請求書を電子データとしてクラウドに保存する方法がベストです。なかでもおすすめは、企業に合った使い方ができるメールメイト。紙の請求書と電子請求書を一元管理できて、AIを使ったデータ抽出や分析も可能です。ぜひお試しください。