請求書の一元管理には請求書管理システムが便利！おすすめ14選を紹介

「紙の請求書と電子請求書が混在していて管理が大変」

「請求書を一元管理したい」

「請求書管理システムってどんなもの？」

この記事では、こんな悩みや疑問を解決していきます。

近年はペーパーレス化が進み、電子請求書を発行する企業が増えてきました。一方で紙の請求書を使う企業も多く残っており、取引先によって請求書の形式が異なるケースも珍しくありません。

ところが形式の異なる請求書は管理しづらく、ミスも多くなりがち。そんな経理担当者の悩みを解決するには、請求書管理システムが役立ちます。

本記事では、請求書の一元管理ができるおすすめシステムを14種類ご紹介します。請求書の管理に悩んでいる人は、ぜひ参考にしてください。

請求書管理システムとは

請求書管理システムとは、その名のとおり請求書の管理をサポートするシステムです。多くの種類がありますが、主流はインターネット経由でサービスを利用するクラウド型。Webサイト上で請求書の管理業務を完結できます。

以下は、請求書管理システムの主な機能例です。

• 請求書作成

• 請求書の送付・保管

• 入金管理

• 支払督促

• 売上レポート　

• 外部システムとの連携　など

このほか選ぶシステムによって、さまざまな機能が搭載されています。なかには請求書だけでなく見積書等の書類にも対応しており、書類管理そのものを効率化できるシステムもありますよ。

なお請求書作成に強いシステムは、「請求書発行・管理システム」「請求書発行システム」とも呼ばれます。

請求書管理システムを導入する3つのメリット

請求書管理システムは、請求書の一元管理を行うことで、請求業務を効率化するためのもの。請求書管理システムを導入することで、紙の請求書のデータ化や、これまで人の手で行っていた作業の自動化が進みます。

ここでは請求書管理システムの持つ3つのメリットについて、詳しく見ていきます。

メリット１）紙の請求書をデータ管理できる

請求書管理システムの大きなメリットは、紙の請求書をPDFデータに変換し、電子請求書と一緒に管理できる点。AI-OCR搭載のシステムを使えば、請求書の読み取り精度が高いため、ほとんどミスなくデータ化できます。

データ化した請求書は検索性が高いうえ、共有や保管がしやすいのも便利な点。どこからでもデータ確認ができるため、リモートワークも導入しやすくなるでしょう。インク代や用紙代等が不要になることで、コスト削減にもつながります。

紙の請求書のまま管理するのは効率が悪い

紙の請求書のまま保管するには、請求書1枚ずつに番号を付けてファイリングする必要があるので、手間がかかります。その状態では過去の書類を探すのに時間がかかってしまいますし、社外からは見ることができないため、リモートワークにも向きません。

そのうえ紙の状態で扱っていると、置き忘れや紛失、汚破損などのリスクもあります。効率面や安全面を考えると、データとして管理するほうが安心ですね。

メリット２）ヒューマンエラーや作業負担を軽減できる

請求書管理システムを使えば、請求書の受領から支払処理を行うまで、一連の流れを自動化できます。自動化によって、ヒューマンエラーが起きるリスクは大きく低下。システムにチェック機能やアラート機能が付いていれば、さらにエラーを減らせます。

また自動化した分だけ手作業の必要がなくなるため、担当者の負担が減る点もメリットです。負担が減るということは、担当者がこれまで請求書管理にかけていた時間を、コア業務に充てられるということ。その結果、企業としての生産性も高まるでしょう。

システムによって自動化できる範囲に差はありますが、受領した請求書の処理だけでなく、請求書の自動作成や自動発行ができるものもありますよ。

手作業で管理しているとミスが起きやすい

請求書を手作業で管理していると、入力ミスや計算ミス、支払い忘れなどのヒューマンエラーが起きがちです。ミスを防ぐために二重チェック・三重チェックを行うこともありますが、工程が増える分、担当者の負担も増してしまいます。

エクセルで管理する場合は、手作業よりも効率的です。ただ同時編集ができない、データが溜まると動作が遅くなるといった課題があるうえ、1カ所でミスがあると他の部分にも影響してしまいます。自動化する場合と比べて、どうしても精度は下がってしまうでしょう。

メリット３）法改正に対応しやすくなる

請求書管理システムは、急な法改正に対応しやすい点もメリットといえます。たとえば近年では2022年に電子帳簿保存法が改正され、2023年にはインボイス制度が始まりました。この時、請求書の管理方法を変更しなければならず、苦労した企業も多いのではないでしょうか。

通常業務を行いながら、法改正への対応を進めるのは大変です。そもそも法改正の情報を、遅滞なく正確に把握するのも難しいですよね。

その点、請求書管理システムの場合は、法改正が行われたらシステムの仕様も変更されるものがほとんど。請求書管理システムを使っていれば、社内で対応を考えなくとも確実に法令遵守できるため、法的リスクを回避できるでしょう。

請求書管理システムを選ぶ5つのポイント

近年では、多くの会社が請求書管理システムを提供しています。特定の目的に特化したシステムや機能を減らしてコストを抑えたシステム、サポートが丁寧で初心者でも導入しやすいシステムなど、その特徴はさまざま。そのため「どれを選べばいいんだろう」と悩む人も多いと思います。

請求書管理システムを選ぶ際は、事前準備として導入目的を明確にしておくことが重要です。「紙と電子の請求書をまとめて管理したい」「支払状況や入金状況を素早く確認したい」「請求書の作成を自動化したい」などニーズが具体化されれば、それに合ったシステムを選びやすくなります。

導入目的がはっきりしたら、以下5つのポイントを確認しながら選びましょう。

１）コストと機能のバランス

一般的に、コストが高くなるほど利用できる機能は多くなります。そのため多機能なシステムを求める人には、無料で使えるシステムよりも有料のシステムがおすすめです。

ただし機能の多さが重要でないなら、あえて高いシステムを選ぶ必要はありません。安いシステムは機能を絞っている代わり、操作がシンプルで使いやすいものが多くなっています。なかには無料プランと有料プランが用意されており、途中で切り替えられるシステムもありますよ。

単に「安ければいい」「機能が多いほうがいい」と判断するのではなく、求める機能とコストのバランスを見て選ぶことが大切です。

２）外部システムとの連携

請求書管理だけでなく、社内の業務全体を効率化したい時は、外部システムと連携できるシステムがおすすめです。特に社内ですでに会計システムや販売管理システム、入金管理システム等を使っている場合、それと連携できる請求書管理システムを選べば、さらなる業務効率化が見込めます。

注意点は、選ぶシステムによって連携方法が異なる点。主にCSVファイルでデータを出力するものと、API連携を行うものがあるので、連携方法についても確認しておきましょう。

既存のシステムと連携できれば、業務フローの大幅な改変も避けられるので、導入のハードルが下がるのもポイントですよ。

３）法改正への対応

インボイスや電子帳簿保存法など、最新の法律に対応していることも重要です。紙の請求書をデータ化するならスキャナ保存の要件を満たす必要がありますし、電子請求書を保存するなら電子取引の保存要件を満たさなければなりません。

たとえば請求書をスキャンしたデータには、改ざんを防ぐためにタイムスタンプが付与されているか、修正ログが残る形で保存されている必要があります。そのため電子帳簿保存法に対応したシステムには、以下のような機能が付いています。

• タイムスタンプ

• 訂正履歴

• 検索機能　など

なおJIIMA認証は、こうした機能を搭載し、電子帳簿保存法に対応しているシステムに与えられるマークです。一つの目安にするとよいですね。

４）セキュリティ対策

ほとんどの請求書管理システムはクラウド型であり、インターネット上ですべての情報を管理しています。それゆえサイバー攻撃や情報流出には、十分に注意しなければなりません。万が一の事故が起きてしまえば、企業の信用は失墜してしまいます。

情報を安全に管理するには、セキュリティ対策が整ったシステムを選ぶことが大切。有効なセキュリティ対策としては、たとえば以下が挙げられます。

• ISO認証やPマーク等を取得している

• 通信が暗号化されている

• 操作ログが残る

• 二要素認証を用いている

• アクセス権限が管理されている　など

なおシステムを導入する際に社内教育を行い、内部からの情報漏洩を防止することも重要です。

５）サポート体制

多くの請求書管理システムは、導入時に手厚いサポートを用意しています。一方で導入後のサポートは整っていないところも多く、運用中に疑問点や問題点が出てきた時に困るケースもしばしば。疑問や問題の解決に時間がかかってしまうと、業務の進捗に影響が出てしまいます。

その点、継続的なサポート体制が整っているシステムを選べば、安心して導入・運用することができます。特に初めてシステムを導入する企業は、なるべく丁寧なサポートが受けられるものを選ぶとよいでしょう。

サポート手段ごとの特徴

サポート手段によって、以下のような特徴があります。

• メール：24時間送付できるが、返信まで時間がかかるケースもある

• 電話：対応時間が限られているが、リアルタイムで相談できる

• チャット：レスポンスが速いが、複雑な質問には対応できないケースもある

• ホームページ上のFAQ：簡単な問題であればその場で解決できる

システムによってサポート体制が異なるので、安心して利用できるものを選びましょう。

【請求書の形式不問】請求書受領に便利な請求書管理システム3選

近年は電子請求書を使う企業が増えていますが、取引先によっては紙の請求書を使っているところもあるでしょう。ただ、電子請求書と紙の請求書をまとめて管理するのはとても大変。かといって取引先に「請求書の形式を変えてほしい」とは言えないこともありますよね。

そんな時は、請求書の形式を問わず一元管理できる請求書管理システムがおすすめです。メールで届いた請求書も、郵送された請求書も、クラウド上でまとめて管理できますよ。

ここでは、請求書の受け取りに便利な3つのシステムをご紹介します。

	利用料金	電子帳簿保存法	セキュリティ
メールメイト	要問合せ	対応	Ｐマーク 通信暗号化　など
バクラク請求書受取	要問合せ	対応 （JIIMA認証）	ISMS準拠 IPアドレス制限など
Bill One請求書受取	要問合せ	対応 （JIIMA認証）	二要素認証の導入 IPアドレス制限など

詳しく見ていきましょう。

①メールメイト｜データ化代行も自力でデータ化もＯＫ！柔軟に利用できる

メールメイトは、目的に応じて柔軟に利用できる請求書管理システムです。担当者の手間をなるべく削減したい時は、紙の請求書をメールメイト宛に郵送、あるいは電子請求書をメールメイト宛にメールで転送しましょう。するとメールメイト側で必要な処理を行い、ダッシュボードへアップロードしてくれます。

一方で手元に請求書を残したい時は、紙の請求書を自分でスキャンし、アップロードしても構いません。アプリを使えば、初心者でも高精度でデータ化できるので安心ですよ。もちろん電子請求書の場合も、自分でアップロードすることができます。

さらにデータ化した請求書は、AIが勘定科目のデータ抽出や重複の自動検出等を行います。

②バクラク請求書受取｜担当者による手入力ほぼゼロを実現

引用：請求書受取・請求書受領システム【バクラク請求書受取】

バクラク請求書受取の主な機能は、請求書の受領代行とAIによる自動仕訳です。どんな形式の請求書でも、専用窓口へ転送すれば自動で読み取りから仕訳作成まで行われるため、担当者の負担はほとんどありません。少人数で経理業務を行っている企業にもおすすめです。

また支払稟議等と請求書を紐づけて管理できるため、対応状況が一目でわかるのも便利な点。支払い忘れや二重支払などのトラブルを防ぐことができますよ。

③Bill One請求書受領｜インボイス制度対応！適格請求書の要件を自動判定

引用：Bill One請求書受領 - クラウド請求書受領サービス

Bill Oneは、さまざまな形式で送付される請求書をクラウド上で受け取るクラウド請求書受領サービスです。郵送された紙の請求書も、Bill Oneが代理で受け取って、スキャンから登録まで行います。クラウド上で請求書を一元管理することで、テレワークの促進にもつながります。

インボイス制度にも対応しており、適格請求書の要件を満たしているか自動判定します。さらに登録番号の照会や消費税額等の検算を行ってくれるので、適格請求書も負担なく扱うことができるでしょう。

【無料プランあり】導入コストの少ない請求書管理システム3選

多くのシステムは月に数千円〜数万円の利用料金がかかりますし、加えて初期費用がかかるものもあります。そのため請求書管理システムの導入を検討している企業のなかには、「使ってみて合わなかったらどうしよう」などと悩んでいるところもあるでしょう。

そんな時は、無料プランのあるシステムを選ぶのがおすすめです。ある程度使える機能は制限されますが、導入コストを抑えられれば、もし合わなかった時のリスクがありません。

ここでは無料プランのある請求書管理システムのなかから、以下3つをご紹介します。

	利用料金	電子帳簿保存法	セキュリティ
MakeLeaps	0円～	対応 （JIIMA認証）	通信暗号化 TRUSTe認証　など
Misoca	0円～	対応	AWSの採用 通信暗号化　など
INVOY	0円～	対応 （JIIMA認証）	ISMS認証　など

詳しく見ていきましょう。

①MakeLeaps｜Webサイト上で請求書データをやり取りするので安全

引用：MakeLeaps（メイクリープス）

MakeLeapsは初期費用がかからないため、無料プランを選べば一切コストをかけずに導入できます。無料プランにはユーザー数や取引先数に上限はあるものの、請求書の作成・送付・入金管理をまとめてサポート。Webサイト上の「取引ポータル」を利用すれば、メールや郵送よりも安全に請求書の送付・受取ができます。

なお有料プランにも30日間の無料トライアルがあり、お試し利用が可能です。いずれのプランでもチャットやメールでサポートが受けられますし、操作性も高いですよ。

②Misoca｜どのプランでも1年間は利用料金0円！2年目以降もコスパ◎

引用：請求書作成ソフト - Misoca（ミソカ）

Misocaには初期費用0円、利用料金0円の無料プランがあるだけでなく、有料プランも1年間は利用料金がかかりません。数日～1ヶ月のトライアルでは使用感がわからないという人も、安心して導入できます。2年目以降は有料となりますが、請求書の発行枚数に応じて年額8,800円＋税〜。コストを抑えた運用が可能です。

無料プランには月に10通までの請求書作成、メール送付や会計サービスとの連携などの機能があります。スマホアプリからも操作できるのも、便利な点といえるでしょう。

③INVOY｜無料プランでも使える機能が多い

引用：クラウド請求書サービスINVOY

INVOYのFreeプランは、請求書の作成・発行はもちろん、受け取った請求書のデータ化やクラウド管理など、ほぼすべての機能を利用できます。ユーザー数は1名に限られますが、請求書業務の大幅な効率化が見込めます。

メールアドレスを登録すれば、30秒で利用開始できるという手軽さも魅力の一つ。さらに利用者から「未経験でもミスなく請求書の作成ができた」「入力がしやすい」といった声もあるように、操作が簡単なのも嬉しいですね。

【連携しやすい】シリーズ展開が多い請求書管理システム5選

請求書管理システムのなかには、シリーズ展開が豊富なものも多くあります。それぞれが「請求書受領サービス」「請求書発行サービス」など特定の業務に特化しているため、無駄な機能を省き、必要な機能だけを無駄なく付けられるのが大きなメリット。同じシリーズで揃えれば、システム間の連携もスムーズです。

ここでご紹介するのは、以下5つのシリーズです。

	利用料金	電子帳簿保存法	セキュリティ
楽楽請求	35,000円＋税/月～ ※別で初期費用あり	対応	Pマーク　 IPアドレス制限など
奉行Edge	156,000円＋税～/年	対応	FISC安全基準準拠 通信暗号化　など
TOKIUMインボイス	10,000円/月～ ※別で初期費用あり	対応 （JIIMA認証）	ISMS認証 Pマーク　など
マネーフォワード クラウド請求書	個人：1,280円＋税/月～ 法人：2,480円＋税/月～	対応	二段階認証の導入 IPアドレス制限など
freee請求書	無料～	対応	通信暗号化 TRUSTe認証　など

順に見ていきましょう。

①楽楽請求｜請求書の受け取りやデータ化に向いている

引用：請求書受領システム「楽楽請求」【公式】

楽楽請求は、請求書の受け取り〜管理を効率化する請求書受領システムです。どんな形式の請求書でも、AI-OCR機能を使って簡単かつ高精度でデータ化可能。アップロードしたデータは一覧表示できるため、「承認完了」「未入金」などステータスが一目でわかります。

また電子請求書の作成・送付には、電子請求書発行システムの「楽楽明細」が役立ちます。あわせて活用することで、請求書の受領だけでなく発送も効率化できますよ。

②奉行Edge 受領請求書DXクラウド｜シリーズ使いで会計処理を効率化

引用：請求書受領システムの奉行Edge 受領請求書DXクラウド

奉行Edgeは、受領する請求書の枚数に応じて利用料金が変わります。料金計算は年単位なので、月によって請求書の受領枚数に差がある場合も無駄なく利用できるでしょう。

奉行シリーズには請求書の発行に役立つ「発行請求書DXクラウド」、財務会計システムの「勘定奉行クラウド」などのさまざまな種類があり、連携しやすいのも大きな魅力。もちろんCSV連携を行えば、他社の会計システムとも連携できます。

③TOKIUMインボイス｜取引先へ送付先変更の連絡代行もお任せ

引用：TOKIUMインボイス

TOKIUMインボイスでは、請求書の受領代行を行うだけでなく、その際の送付先連絡まで代行しています。そのため担当者の負担を大幅に軽減したい企業におすすめ。24時間365日体制でデータ化作業を行っており、所要時間が短いのも特徴です。

さらに請求書の発行に役立つ「TOKIUM請求書発行」、請求書以外の書類管理にも便利な「TOKIUM電子帳簿保存」など、シリーズ展開も豊富。勘定奉行やfreee、弥生会計など、さまざまな会計ソフトとも連携できます。

④マネーフォワードクラウド請求書｜個人事業主や小規模企業向き

引用：マネーフォワード クラウド請求書

マネーフォワードクラウド請求書は、個人事業主や小規模事業者におすすめの請求書管理システムです。利用料金が安いうえ、1ヶ月間は無料トライアルも可能。まずは試してみたいという人にも向いています。

このほか請求書関連のシリーズには、取引先数が多い企業向けの「クラウド請求書Plus」、受領した請求書をクラウド上で管理する「クラウドBox」などがあります。そのほか、外部システムのMazricaやZOHOとAPI連携もできますよ。

⑤freee請求書｜大量の請求書・定期的な請求書の発行にもおすすめ

引用：freee請求書｜電子請求書発行システム

freee請求書では、クラウド上で請求書の作成・送付を行い、請求書の電子化を進めます。大量の請求書や定期的な請求書の発行もできるうえ、プランによっては入金消込や仕訳作成まで自動化可能。初期費用はかからず、無料プランも用意されています。

またfreeeシリーズは、請求販売のほか財務会計・申告や人事労務、電子契約まで幅広く展開しています。なかでも請求書の受領と保管を効率化するなら「free支出管理　受取請求書」が、経理業務全体を効率化するなら「freee会計」が役立つでしょう。

【初心者でも安心】サポートが丁寧な請求書管理システム3選

初めて請求書管理システムを導入する場合、充実したサポートが付いていると安心ですよね。導入してから問題が出てくることもあるため、できれば導入前だけでなく導入後のサポートも欲しいところ。確実に問題解決するには、ホームページ上のFAQだけでなく、直接担当者とやり取りできる仕組みがあるとよいでしょう。

そこでここでは、サポートが充実している3つのシステムをご紹介します。

	利用料金	電子帳簿保存法	セキュリティ
請求管理ロボ	要問合せ	対応 （JIIMA認証）	ISMS認証 Pマーク　など
BtoBプラット フォーム請求書	要問合せ （無料プランあり）	対応	ISO認証 DDoS対策　など
board	1,200円＋税/月～	対応	二段階認証の導入 データ暗号化　など

一つずつ見ていきましょう。

①請求管理ロボ｜専任担当が付くという安心感！スピーディーな対応も魅力

引用：請求管理システムなら「 請求管理ロボ 」

請求管理ロボでは、導入前・導入時・導入直後の3ヵ月にわたって専任担当が個別の支援を行います。1営業日以内に対応するというスピーディーさも魅力です。それ以降も電話やメールで継続的なサポートが受けられるほか、業務における悩みを解決するユーザー会なども開催されています。

さらに請求書の発行・送付はもちろん、入金消込や未入金時の催促を自動化できるなど、機能も豊富です。高速処理システムが搭載されているため、大量の請求書もスムーズに発行できますよ。

②BtoBプラットフォーム請求書｜ユーザーコミュニティでの交流もできる

引用：BtoBプラットフォーム 請求書

BtoBプラットフォーム請求書は、請求書の受取・発行をプラットフォーム上で一元管理できるシステムです。国内シェアも大きく、導入実績は126万社以上。2025年6月には、東京商工リサーチの「クラウド請求書システム導入企業数」で1位に輝きました。

システム導入前は、専任チームが初期設定や取引先の登録、取引先への案内などを丁寧にサポート。導入後も有人チャットやメールで問い合わせができるほか、会員専用FAQページも完備。ユーザーコミュニティもあるので、交流や意見交換も可能です。

③board｜Webサポートを使えば営業時間内なら1時間内に回答が届く

引用：board

boardは、個人事業主や中小企業向けのクラウド請求書作成ソフトです。販売管理の業務領域を満遍なくカバーしており、請求管理や入金管理はもちろん、見積書の作成や受発注、納品管理にも対応。多機能ながらシンプルかつお手頃価格なのも魅力です。

boardでは、トライアル期間中からWebサポートとメールによるサポートが受けられます。Webサポートの実績は毎月公開されており、営業時間中なら1時間以内に回答が来るケースがほとんど。スムーズに問題を解決できるため、業務が滞らず安心です。

請求書　一元管理に関するQ&A

最後に、請求書の一元管理に関してよくある質問に回答していきます。一元管理するメリットや請求書の保管期間、スキャナ保存と紙保存の違いについて確認していきましょう。

Q１）請求書を一元管理するメリットは何？

請求書を一元管理することで、次のメリットが得られます。

• 請求書の紛失を防止できる

• 必要な情報が見つけやすい

• 支払漏れが防げる

請求書をあちこちに保管していると、紛失リスクが高まります。特に紙の請求書は持ち運んだ先で置き忘れる、返却場所を間違えるといったトラブルが起きやすいでしょう。請求書を電子化して一元管理することで、こうしたリスクが軽減できます。

また情報の保管場所がはっきりしているため、過去の請求書を確認する際も、必要なデータをすぐに見つけることが可能。「書類を探す」という無駄な業務がなくなります。

請求書ごとのステータス管理がしやすく、支払い漏れや未処理のタスクに気づきやすくなるのもメリットです。

Q２）請求書の保管期間は決まっている？

請求書には、以下のように保管期間が決まっています。

• 法人：原則7年間、繰越欠損金が生じた年は10年間

• 個人事業主：原則5年間

参考：No.5930 帳簿書類等の保存期間｜国税庁

紙の請求書の場合、請求書の発行側には保存義務がありません。ただし控えを作成した場合は保存義務が生じるので注意しましょう。電子請求書の場合は、必ず控えをデータで保存する義務があります。

なお適格請求書については、発行側・受領側ともに、7年間の保管が義務付けられています。

参考：5 適格請求書等の写しの保存｜国税庁

Q３）紙の請求書はスキャナ保存と紙保存のどちらがいい？

まずスキャナ保存のメリットは、PDFデータとして扱うことで、請求書の紛失や汚破損リスクがなくなる点です。電子請求書のデータとの一元管理もしやすく、検索や共有もスムーズになるでしょう。

さらに電子帳簿保存法の要件を満たして保存する場合、原本の破棄が認められています。つまり電子帳簿保存法に準拠したクラウドシステムを使っていれば、原本の破棄も可能ということ。紙の請求書をファイリングする手間がかからなくなり、保管場所も不要になります。

ただしスキャナ保存の要件を満たすのが難しければ、無理をせず紙のまま保存しても構いません。紙保存のメリットは、一目で全体を把握しやすいという点。企業の状況に応じて選びましょう。

請求書の管理方法を一つにまとめて業務を効率化しよう

本記事では、請求書の一元管理に請求書管理システムを使うメリットやシステムの選び方、そしておすすめのシステム14選をご紹介しました。クラウド型の請求書管理システムを導入することで、経理業務の効率化や法対応が進みます。ぜひ企業に合ったシステムを活用し、請求書の一元管理を進めていきましょう。

なかでもメールメイトは、さまざまな形式の請求書を扱う企業におすすめです。紙の請求書も電子請求書もまとめて管理できるうえ、自分でデータ化することも、メールメイトがデータ化を代行することも可能。場面に応じて柔軟な使い方ができますよ。

アカウント作成は無料なので、まずは試してみてはいかがでしょうか。